Статья 'Данные о древней ДНК с территории клязьминских поселений XII века. Часть 2' - журнал 'Историческая информатика' - NotaBene.ru
по
Меню журнала
> Архив номеров > Рубрики > О журнале > Авторы > О журнале > Требования к статьям > Порядок рецензирования статей > Ретракция статей > Этические принципы > Политика открытого доступа > Оплата за публикации в открытом доступе > Online First Pre-Publication > Политика авторских прав и лицензий > Политика цифрового хранения публикации > Политика идентификации статей > Политика проверки на плагиат > Редакция > Редакционный совет
Журналы индексируются
Реквизиты журнала

ГЛАВНАЯ > Вернуться к содержанию
Историческая информатика
Правильная ссылка на статью:

Данные о древней ДНК с территории клязьминских поселений XII века. Часть 2

Семенов Александр Сергеевич

кандидат физико-математических наук

ген.директор, Deep Dive Group, проект "ДНК-история России"

119334, Россия, г. Москва, ул. Ленинский Проспект, 43, кв. 161

Semenov Alexander Sergueevich

PhD in Physics and Mathematics

CEO, project "DNA-history of Russia"

119334, Russia, Moscow, ul. Leninsky Prospekt, 43, sq. 161

semyonov1980@mail.ru
Другие публикации этого автора
 

 
Кабаев Данил Андреевич

ведущий специалист, ООО «Владимирский областной центр археологии при ВлГУ»

600009, Россия, Владимирская область, г. Владимир, ул. Мира, 9

Kabaev Danil Andreevich

Leading Specialist, LLC “Vladimir Region Center for Archaelogy of the Vladimir State University”

600009, Russia, Vladimir region, Vladimir, Mira str., 9

d.kabaev@mail.ru
Другие публикации этого автора
 

 
Черняева Лариса Леонидовна

генеральный директор, ООО "Владимирский областной центр археологии при ВлГУ"

600009, Россия, Владимирская область, г. Владимир, ул. Мира, 9

Chernyaeva Larisa Leonidovna

CEO, LLC "Vladimir Region Center for Archaelogy of the Vladimir State University"

600009, Russia, Vladimir region, Vladimir, Mira str., 9

galchuk@list.ru
Другие публикации этого автора
 

 
Чернов Сергей Заремович

доктор исторических наук

Ведущий научный сотрудник, Отдел археологии Московской Руси, Институт археологии РАН

117292, Россия, Москва, г. Москва, ул. Д. Ульянова, 19

Chernov Serguey Zaremovich

Doctor of History

Leading Researcher, Moscow Rus' Archaeology Department, Institute of Archaeology of the Russian Academy of Sciences

117292, Russia, Moscow, Moscow, ul. D. Ulyanova, 19

chernovsz@mail.ru
Другие публикации этого автора
 

 
Гончарова Наталия Николаевна

кандидат биологических наук

доцент, биологический факультет, Московский Государственный Университет

119234, Россия, Москва, г. Москва, ул. Ленинские Горы, 1/12

Goncharova Natalia Nikolaevna

PhD in Biology

Assistant Professor, Faculty of Biology, Moscow State University

119234, Russia, Moscow, Moscow, Leninskye Gory str., 1/12

1455008@gmail.com
Другие публикации этого автора
 

 

DOI:

10.7256/2585-7797.2023.4.68943

EDN:

TYEJKY

Дата направления статьи в редакцию:

10-11-2023


Дата публикации:

30-11-2023


Аннотация: В работе описаны результаты определения гаплогрупп двух древних захоронений XII века со среднего течения Клязьмы. Полученные данные позволяют определить Y-гаплогруппу и митогаплогруппу по маркерам, выделенным в исследовании. В статье описывается применение методов биоинформатики и полученный результат, который с высокой вероятностью определяет Y-гаплогруппу I1-Z58 захоронения №26 и митогаплогруппу H1-146C и вероятный субклад H1m1 захоронения №25. Данная работа подводит итог начальному этапу исследований, предпринятому в 2019-2020 годах, и продолженному в других работах авторского коллектива. Часть результатов была опубликована, митоДНК из захоронения №25 публикуется впервые. Результат пополняет серию ДНК-данных из описанной группы захоронений с древних клязьминских поселений, опубликованных авторами ранее. Современные технологии позволяют качественно извлекать ДНК и тестировать ее различными методами, включая определение гаплогруппы Y-хромосомы и митохондриальной ДНК. В статье приведены основные параметры используемых технологических инструментов. В статье приведены результаты исследования, проведенного в 2019-2020 годах. Первые свидетельства присутствия митохондриальной гаплогруппы H1-146C (вероятно, H1m1) из захоронения №25 и Y-гаплогруппы I1-Z58 из захоронения №26 среди клязьминского населения Северо-Восточной Руси в XII веке не только подтверждают наличие митохондриальной гаплогруппы H1 на средневековых русских земель (населенных потомками восточных славян), но и указывают, что определенное генетическое единство с западными частями славянского ареала могло в то время существовать (поскольку наиболее серьезные концентрации I1-Z58 и присутствие H1m1 наблюдаются в западной части славянского ареала). Вывод об отнесении митогаплогруппы к H1 был сделан на базе сочетания CRS в HVR1 и наличия мутации 263G в HVR2. Согласно таблице определяющих мутаций FTDNA, мутация 146С указывает на ветвь H1m1.


Ключевые слова:

палео-ДНК, STR-маркеры Y-хромосомы, гаплогруппы, секвенирование, секвенирование ДНК, ДНК тест, палеогенетика, ДНК - гаплогруппа, древние ДНК, ДНК

Abstract: The paper describes the results of determining the haplogroups of two ancient burials of the 12th century from the middle reaches of the Klyazma. The data obtained make it possible to determine the Y-haplogroup and mitohaplogroup using the markers identified in the study. The article describes the using of bioinformatics methods and the result obtained. The result with a high probability determines the Y-haplogroup I1-Z58 of burial No. 26 and the mitochondrial haplogroup H1-146C (highly probable, H1m1) of burial No. 25. This work summarizes the initial stage of research undertaken in 2019-2020, and continued in other works by the team of authors. Some of the results have been published; mitoDNA from burial No. 25 is published for the first time and completes the series of DNA data from the described group of burials from ancient Klyazma settlements, published by the authors earlier. Modern technologies make it possible to extract DNA and test it using various methods, including determination of the Y-chromosome haplogroup and mitochondrial DNA. The article presents the results of the study conducted in 2019-2020 years. The first evidence of the presence of mitochondrial haplogroup H1-146C (burial No. 25) and Y-haplogroup I1-Z58 (burial No. 26) among the Klyazma population of North-Eastern Russia in the 12th century not only confirms the presence of Y-haplogroup H1 in medieval Russian lands (inhabited descendants of the Eastern Slavs), but also indicates that some genetic unity with the western parts of the Slavic area might exist that time.


Keywords:

paleo DNA, STR markers of the Y chromosome, haplogroups, sequencing, DNA sequencing, DNA test, paleogenetics, DNA haplogroup, ancient DNA, DNA

Тестирование палеоДНК становится одной из сложных областей современной биотехнологии. Современные технологии позволяют качественно извлечь ДНК и протестировать ее различными методами, включая определение гаплогруппы Y-хромосомы и митохондриальной ДНК [1]. Этот метод прикладного исторического исследования реализуется уже 20 лет, но данные о славянских и других популяциях эпохи зарождения Российского государства все еще немногочисленны. Обзор приведен в [2-6,10-14]. Нам известны ДНК не более чем 20 древних русских могильников, поэтому на текущем этапе идет первичное накопление сведений. Сейчас для территории нашей страны этап первоначального «интеллектуального анализа данных» еще продолжается и первое обобщение можно сделать после 40-50 исследований. Таким образом, формирование списка данных по древней ДНК крупнейших могильников в границах Древней Руси с выборкой древних ДНК является актуальным.

Основной целью данного исследования было определение гаплогруппы в двух средневековых захоронениях XII века среднего течения реки Клязьмы и поиск их возможных аналогов в других средневековых образцах ДНК. В качестве объекта были выбраны две могилы, исследованные в 2016-2017 годах на средневековом кладбище XII-XIV веков в г. Владимир, некрополь расположен на территории комплекса "Патриарший сад". В данной части описано захоронение №25 XII века. Захоронение № 26 было описано в первой части настоящей работы [14]. Материал для исследований был получен в результате охранных археологических раскопок в зоне реконструкции комплекса «Патриарший сад». Могильник и прилегающее к нему поселение расположены в юго-западной части исторического центра Владимира, на склоне надпойменной террасы на левом берегу реки Клязьмы. Раскопки проводили сотрудники ООО «Владимирский областной центр археологии при ВлГУ» С.В. Очеретина и Д.А. Кабаев. Всего было исследовано около 180 захоронений на площади более 1000 м2.

Новый (или Земляной) город начинает формироваться в XII веке, сооружение его укреплений относится к 1158-1164 гг. при Андрее Боголюбском. Активное освоение этой части города начинается в XII-XIII вв. Здесь строится церковь Спаса, затем появляется Спасо-Златовратский монастырь, просуществовавший до 1784 года. В XIV-XV вв. в западной части изученного участка располагались ремесленные мастерские по производству железных замков и ключей к ним. Затем здесь, на южных склонах оврага, появляется Патриарший сад, который был приписан к Рождественскому монастырю и носил разные названия – Архиерейский, Синодальный, Патриарший, в зависимости от подчиненности самого монастыря.

Могильник, обнаруженный при проведении раскопок, датируется вещевым и керамическим материалом, его функционирование приходится на период XII-XIV вв. Большинство погребений безынвентарные, но в самых ранних захоронениях встречены элементы одежды, которые позволяют датировать эти погребения более узким временным интервалом.

Особо выделяется комплекс погребений XII века, а в нем – женское захоронение №25. Среди деталей погребальной одежды из захоронения №25 были найдены элементы золототканой одежды – шелковая лента с орнаментом, фрагмент золототканого воротника с тремя бронзовыми пуговками и берестяным подкладом, возможно, нагрудник с вышивкой золотной нитью на шерстяной и шелковой ткани. Подобные изделия были найдены при раскопках в городах Днепровской Руси и в курганных могильниках Северо-Восточной Руси, и датируются XI-XIII вв. [15].

Золототканые ленты были в обиходе у населения Древней Руси в течение XI-XIII вв., ими обшивали ворот платья и обшлага рукавов. Это изделия, вероятнее всего, византийского происхождения, большинство предметов такого рода были именно византийскими. Несмотря на представление о том, что золототканая одежда была редкостью, М.В. Фехнер пишет, что более 80% находок такого рода происходят из рядовых захоронений курганного сельского и городского населения Древней Руси [16].

Медные грибовидные пуговицы встречены в большинстве древнерусских городов. В памятниках Владимиро-Суздальской Руси они относятся к домонгольскому времени и датируются XI-началом XIII века [17].

Антропологический материал из захоронения довольно скуден. Сохранились небольшие фрагменты черепа и длинных костей ног. Установить прижизненную длину тела по имеющимся фрагментам длинных костей невозможно, костный материал позволяет сказать только, что кости принадлежат женщине, возраст смерти 25-30 лет. Лицо невысокое, нос относительно широкий, но при этом переносье выступает довольно сильно. Фрагментированность останков позволяет дать только эти небольшие описания. Тем важнее информация, которую в данном случае может дать изучение ДНК-данных по погребению.

Невдалеке располагалось захоронение №26. Захоронение №26 было ориентировано по православной традиции головой на запад. Руки сложены на животе и тазу. Датируется оно XII-XIII веками и описано в статье [14].

Работы по определению мито-гаплогруппы древнего захоронения проводились в ООО «ДНК-Наследие» в сентябре 2019 - июле 2020 годов по договорам №ДНК-Ла/11-19 от 08.11.2019 и №ДНК-Ла/08-20 от 14.08.2020. Интерпретация результата осуществлена авторами.

Материалы и методы

ДНК из зубов экстрагирована методом колонки SiO2. Концентрацию выделенной ДНК измерена на флуориметре Qubit 2 (Thermo Fisher Scientific, США).

Концентрация образца, взятого на анализ мито-ДНК из погребения №25, составила 1,12 нг/мкл порошка массой 1 г. В результате NGS-секвенирования (платформа MiSeq, Illumina (США), по протоколам Illumina) области HVR1 и HVR2 митохондриальной ДНК получились следующие данные: HVRI - 16558A, 16566A и HVR2 - 146С, 263G. NGS секвенирование проводилось с использованием реагентов PowerSeq CRM (Promega).

Данные и интерпретации

В результате работы были получены следующие данные. Исходя из совпадения HVR1 с Кембриджской референсной последовательностью на участке до 16519С и наличия двух мутаций в HVR2 был сделан вывод об отнесении митохондриального гаплотипа женщины к гаплогруппе H1-146C c высокой вероятностью (сочетание CRS и наличия 263G в HVR2). Согласно таблице определяющих мутаций FTDNA (https://www.familytreedna.com/mtdna-haplogroup-mutations.aspx), мутация 146С указывает на ветвь H1m1.

Обсуждение и анализ

Базы данные GenBank (http://www.ianlogan.co.uk/sequences_by_group/h1m_genbank_sequences.htm) показывают принадлежность ветви H1 Центральной и Восточной Европе, причем H1m принадлежит, скорее, центрально-европейскому региону и Западной Балтике и берегам Северного моря (известны носители в современных Польше, Германии, средневековой Англии). Западнобалтийскому и западнославянскому регионам принадлежит и субклад I1-Z58, найденный в захоронении №26 (аналог – западнославянское погребение Krakauer Berg [14]). Данная оценка коррелирует с выводами, сделанными для индивидума №26 о вероятных корнях с территории юго-западной Балтики.

Данные тестирования современников, проводимых проектом "ДНК-история России" показали редкость митотипа захоронения №25 в Центре России. Однако, для нескольких тестированных семей из Центральной России он был выявлен, например у носительниц с корнями из с. Чермные в Кадомском районе Рязанской области (Чугуновой Тамары Евдокимовны, 1940 г.р, и, следовательно, ее матери Ларькиной Анисьи Ильиничны, 1897 г.р.). Это может говорить о сохранении данной линии среди современного населения Волго-Окского междуречья.

Заключение

В статье приведены результаты исслдования, проведенного в 2019-2020 годах. Первые свидетельства возможного присутствия H1m1 и I1-Z58 среди клязьминского населения Северо-Восточной Руси в XII веке не только подтверждают мнение о наличии мито-гаплогруппы H1 на всех средневековых русских земель (населенных потомками восточных славян), но и указывает, что определенное генетическое единство с западными частями славянского ареала могло существовать в то время (поскольку наиболее серьезные концентрации I1-Z58 и присутствие H1m1 наблюдаются в западной части славянского ареала и на еще более западных территориях). Данная гипотеза обсуждалась в предыдущих работах авторов [4,5,14] в контексте статей [7-9].

Благодарности

Данное исследование было проведено на средства ООО "Владимирский областной центр археологии при ВЛГУ", проекта «ДНК-история России», меценатов В.П. Савранского, К. С. Неверовой, В.А. Крупнова, В.А.Прохорова.

Библиография
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.
References
1.
2.
3.
4.
5.
6.
7.
8.
9.
10.
11.
12.
13.
14.
15.
16.
17.

Результаты процедуры рецензирования статьи

В связи с политикой двойного слепого рецензирования личность рецензента не раскрывается.
Со списком рецензентов издательства можно ознакомиться здесь.

Основной целью работы «Данные о древней ДНК с территории клязьминских поселений XII века. Часть 2» было определение гаплогруппы в двух средневековых захоронениях XII века среднего течения реки Клязьмы и поиск их возможных аналогов в других средневековых образцах ДНК. Формирование списка данных по ДНК из крупнейших могильников в границах Древней Руси с выборкой древних ДНК является очень актуальным, так как в настоящее время известны не более, чем 20 древних русских могильников. Такое положение дел соответствует этапу первичного накопления сведений, в то время во многих странах мира аналогичных сведений существенно больше.
Поэтому статья, безусловно, обладает высокой научной новизной и актуальностью.
Исследование проведено по стандартной схеме, включающей выделение ДНК из останков захороненных людей, её секвенирование и последующий биоинформатический анализ.
В статье присутствует подробное описание вещественного содержания исследуемых могильников, позволяющее сделать некоторые выводы о материальной культуре Владимиро-Суздальской Руси XII века.
ДНК захороненных в могильниках людей выделялась из зубов.
В результате работы был сделан вывод об отнесении митохондриального гаплотипа женщины, захороненной в исследуемом могильнике, к гаплогруппе H1-146C c высокой вероятностью (сочетание CRS и наличия 263G в HVR2). Согласно таблице определяющих мутаций FTDNA, мутация 146С указывает на ветвь H1m1. Данная ветвь характерна для Центральной и Восточной Европы, причем H1m принадлежит, скорее, центрально-европейскому региону и Западной Балтике и берегам Северного моря (известны носители в современных Польше, Германии, средневековой Англии).
Таким образом, на основании полученных в ходе обсуждаемой работы данных, можно говорить о том, что в период XI–XII веков у жителей Владимирской Руси существовало определенное генетическое единство с населением западных частей славянского ареала.
Полученный вывод важен для понимания политико-экономической ситуации на территории Руси в период феодальной раздробленности. На основании результатов обсуждаемой работы вполне можно говорить о большем единстве славянского населения в начале II тысячелетия н.э., чем это принято считать.
Поэтому обсуждаемое исследование представляет собой высокую ценность.
Однако, несмотря на общую положительную оценку работы, вынужден выделить следующие замечания. В разделе «Материалы и методы» не указаны фирма и страна-производитель флуориметра Qubitv2. Также не указана марка секвенатора и технология секвенирования: термин «NGS-секвенирование» охватывает несколько принципиально разных методик, поэтому в статье необходимо указать конкретно ту, что использовалась в описываемом исследовании.
Решение: данная статья может быть принята к печати после обязательной доработки с устранением вышеизложенных замечаний. Повторного рецензирования не требуется.
Заммечания главного редактора от 20.11.2023: "Автор в полной мере учел замечания рецензентов и исправил статью. Доработанная статья рекомендуется к публикации"
Ссылка на эту статью

Просто выделите и скопируйте ссылку на эту статью в буфер обмена. Вы можете также попробовать найти похожие статьи


Другие сайты издательства:
Официальный сайт издательства NotaBene / Aurora Group s.r.o.