Аннотация: Предметом исследования является система безопасности инновационной деятельности и продукции, производимой предприятиями среднего и малого бизнеса на территории Республики Башкортостан. Инновационная деятельность предприятий этого сектора экономики с каждым годом охватывает все новые области науки и производства. В соответствии с этим, актуализируется важность проблемы вредоносности инноваций, а также появляется необходимость в решении проблемы безопасности инновационных проектов. Основные аспекты исследования, определены в рамках ситуационного анализа, характеризующегося возрастающей необходимостью развития импортозамещения. В работе использован системный подход к анализу развития инноваций в Республике Башкортостан, в рамках которого использовался социальный метод к оценке воздействия инноваций различных отраслей на основные сферы жизни общества. Проведён сравнительный анализ структуры малых и средних предприятий в республике. Уточняется терминология. Предложены меры укрепления безопасности инновационной деятельности, в частности: возложение дополнительной ответственности на лиц, связанных с разработкой и внедрением инновационных продуктов, а также лиц, использующих инновационную продукцию; создание аналитико-диагностических центров безопасности инновационной продукции.