Аннотация: Предметом исследования в статье выступают теория и методология налогообложения добычи полезных ископаемых, включая углеводородное сырье и твердые полезные ископаемые, подходы к распределению налоговой нагрузки между экономическими агентами, тенденции развития системы налогообложения добычи различных видов минерального сырья. Особое внимание в статье обращено на вопросы совершенствования налогового администрирования компаний добывающего сектора на основе внедрения новых цифровых информационных технологий передачи данных об объемах добычи минерального сырья и реформирования института налогового декларирования. Методы исследования: наблюдение; описание; анализ и синтез; логика; сравнение. Методология исследования: рассмотрение принципов системы налогообложения добычи полезных ископаемых; выявление взаимосвязей элементов данной системы и нарушения взаимосвязей; формирование теоретических выводов на основе изучения практики налогообложения и налогового администрирования. Новизна исследования заключается в следующем: 1) выявлена уязвимость системы налогообложения добычи полезных ископаемых со стороны внешних факторов, в том числе мировых цен на минеральное сырье и обоснованы меры по нейтрализации такой зависимости; 2) доказана необходимость гармонизации ключевых понятий Налогового кодекса Российской Федерации и законодательства о недрах и формирование системы прямой оценки целесообразности и эффективности точечных и категорийных льгот по налогу на добычу полезных ископаемых; 3) обоснованы направления реформирования системы налогового декларирования по налогу на добычу полезных ископаемых и определения налоговых обязательств по данным государственного баланса запасов полезных ископаемых; 4) разработан алгоритм организации прямого учета нефти на скважинах с использованием современных цифровых технологий.