Аннотация: Представлены результаты исследования экономических особенностей крупномасштабных научных проектов мега-класса. Рассмотрены основные признаки научных мегапроектов и их отличие от обычных проектов мега-класса. Автором рассмотрены особенности рисков при реализации научных мегапроектов, специфика и проблемы управления с учетом рисков. Предложена систематизация видов рисков и мер по их минимизации, а также рекомендации для предпроектной проработки проблемы рисков, обусловленных внутренними и внешними факторами, влияющими на системную устойчивость проекта. Основным методом исследования является системный анализ. Представлен новый методологический подход, позволяющий оценивать факторы рисков, основанный на представлении мегапроекта в качестве неравновесной системы, имеющей стохастический характер. Наличие большого количества рисков, сопутствующих реализации крупных научных проектов, требует их четкой идентификации, распределения ответственности, а также определенного набора методов анализа рисков. смещение технологических и финансовых рисков в сторону негосударственных участников мегапроектов в условиях государственно-частного партнерства позволит учитывать интересы всех участников, включая интересы и миссию самого мегапроекта.