Аннотация: Объектом исследования являются факторы, определяющие инновационный потенциал малого и среднего предпринимательства в Республике Башкортостан. Предметом исследования выступает система экономических отношений, возникающих при оценке инновационного потенциала малого и среднего предпринимательства в Республике Башкортостан в целях обеспечения развития и стабильности инновационной системы, национальной безопасности Республики. Автор проводит анализ существующих методик оценки инновационного потенциала, на основе чего определяет необходимые индикаторы к оценке инновационного потенциала малого и среднего предпринимательства в Республике Башкортостан, раскрывает их количественную и качественную характеристику. В рамках качественного и количественного подходов к оценке инновационного потенциала МСП в Республике Башкортостан в статье был предложен системный подход, состоящий из сравнительного, структурного, результативного методов и метода экспертных оценок. Предложена авторская модель к оценке инновационного потенциала малого и среднего предпринимательства, которая основывается на применении количественных и качественных показателей. Основным выводом является то, что при оценке инновационного потенциала необходимо учитывать не только результативные показатели, но и сезонность, безопасность и оценку влияния числа занятых в малом и среднем инновационном бизнесе на общее число занятых в МСП.